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Platform:		[ Platform for auto-completion ]
Probe sequence or ID:	AffymetrixHG_U133A\1316_at Position=2107 length=25	[ Example: 121_at ]
Target sequence or ID:	AffymetrixHG_U133A\1316_at length=255	[ Example: 121_at ]

Window size:		[ Recommended: probe length ]

		Sample run

Position	Probe sequence	Sub-target sequence	Secondary structure	Free energy[kcal/mol]
0	agacctaggccaaggaactgggtgg	gtgttctgcagttcccaggacccca	.......(.((..(((((((..... ........)))))))..)).)....	-9.62
1	agacctaggccaaggaactgggtgg	tgttctgcagttcccaggaccccat	.......(.((..(((((((..... .......)))))))..)).).....	-9.62
2	agacctaggccaaggaactgggtgg	gttctgcagttcccaggaccccatc	.......(.((..(((((((..... ......)))))))..)).)......	-9.62
3	agacctaggccaaggaactgggtgg	ttctgcagttcccaggaccccatcc	.......(.((..(((((((..... .....)))))))..)).).......	-9.62
4	agacctaggccaaggaactgggtgg	tctgcagttcccaggaccccatcct	.......(.((..(((((((..... ....)))))))..)).)........	-9.62
5	agacctaggccaaggaactgggtgg	ctgcagttcccaggaccccatcctc	.......(.((..(((((((..... ...)))))))..)).).........	-9.62
6	agacctaggccaaggaactgggtgg	tgcagttcccaggaccccatcctct	.......(.((..(((((((..... ..)))))))..)).)..........	-9.62
7	agacctaggccaaggaactgggtgg	gcagttcccaggaccccatcctctc	.......(.((..(((((((..... .)))))))..)).)...........	-9.62
8	agacctaggccaaggaactgggtgg	cagttcccaggaccccatcctctca	.......(.((..(((((((..... )))))))..)).)............	-8.90
9	agacctaggccaaggaactgggtgg	agttcccaggaccccatcctctcag	.......(.((..((((((...... ))))))..)).).............	-7.46
10	agacctaggccaaggaactgggtgg	gttcccaggaccccatcctctcaga	.............((..(((((... ...)))))..)).............	-7.11
11	agacctaggccaaggaactgggtgg	ttcccaggaccccatcctctcagaa	.............((..(((((... ..)))))..))..............	-7.11
12	agacctaggccaaggaactgggtgg	tcccaggaccccatcctctcagaag	.............((..(((((... .)))))..))...............	-7.11
13	agacctaggccaaggaactgggtgg	cccaggaccccatcctctcagaagg	.............((..(((((... )))))..))................	-6.53
14	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccaggaccccatcctctcagaaggt	............((((...((((.. .....))))..))))..........	-6.40
15	agacctaggccaaggaactgggtgg	caggaccccatcctctcagaaggta	............((((...((((.. ....))))..))))...........	-6.40
16	agacctaggccaaggaactgggtgg	aggaccccatcctctcagaaggtag	............((((...((((.. ...))))..))))............	-6.40
17	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggaccccatcctctcagaaggtagg	............((((...((((.. ..))))..)))).............	-6.40
18	agacctaggccaaggaactgggtgg	gaccccatcctctcagaaggtaggg	............((((...((((.. .))))..))))..............	-6.40
19	agacctaggccaaggaactgggtgg	accccatcctctcagaaggtagggg	............((((..((((... ..))))))))...............	-6.11
20	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccccatcctctcagaaggtagggga	............((((..((((... .))))))))................	-6.11
21	agacctaggccaaggaactgggtgg	cccatcctctcagaaggtaggggaa	............((((..((((... )))))))).................	-5.59
22	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccatcctctcagaaggtaggggaag	.................(((((.(( ....)).))))).............	-4.98
23	agacctaggccaaggaactgggtgg	catcctctcagaaggtaggggaagg	.................(((((.(( ...)).)))))..............	-4.98
24	agacctaggccaaggaactgggtgg	atcctctcagaaggtaggggaaggg	.................(((((.(( ..)).)))))...............	-4.98
25	agacctaggccaaggaactgggtgg	tcctctcagaaggtaggggaagggc	.................(((((.(( .)).)))))................	-4.98
26	agacctaggccaaggaactgggtgg	cctctcagaaggtaggggaagggcg	..((((................... .........))))............	-4.59
27	agacctaggccaaggaactgggtgg	ctctcagaaggtaggggaagggcgg	..((((................... ........)))).............	-4.59
28	agacctaggccaaggaactgggtgg	tctcagaaggtaggggaagggcggg	..((((................... .......))))..............	-4.59
29	agacctaggccaaggaactgggtgg	ctcagaaggtaggggaagggcggga	...((..(.((.............. .................)).).)).	-5.42
30	agacctaggccaaggaactgggtgg	tcagaaggtaggggaagggcgggag	...((..(.((.............. ................)).).))..	-5.42
31	agacctaggccaaggaactgggtgg	cagaaggtaggggaagggcgggagg	...((..(.((.............. ...............)).).))...	-5.42
32	agacctaggccaaggaactgggtgg	agaaggtaggggaagggcgggagga	...(((.(.((.............. ..............)).)...))).	-5.60
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34	agacctaggccaaggaactgggtgg	aaggtaggggaagggcgggaggatt	...(((.(.((.............. ............)).)...)))...	-5.60
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37	agacctaggccaaggaactgggtgg	gtaggggaagggcgggaggattgag	...(((.(.((.............. .........)).)...)))......	-5.60
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39	agacctaggccaaggaactgggtgg	aggggaagggcgggaggattgagaa	...(((.(.((.............. .......)).)...)))........	-5.60
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42	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggaagggcgggaggattgagaaggg	...(((.(.((.............. ....)).)...)))...........	-5.60
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44	agacctaggccaaggaactgggtgg	aagggcgggaggattgagaagggac	...(((.(.((.............. ..)).)...))).............	-5.60
45	agacctaggccaaggaactgggtgg	agggcgggaggattgagaagggaca	...(((.(.((.............. .)).)...)))..............	-5.60
46	agacctaggccaaggaactgggtgg	gggcgggaggattgagaagggacaa	...(((..(((.............. .)))...)))...............	-5.60
47	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggcgggaggattgagaagggacaag	...(((..(((.............. )))...)))................	-5.04
48	agacctaggccaaggaactgggtgg	gcgggaggattgagaagggacaagc	...(((................... .....))).................	-4.09
49	agacctaggccaaggaactgggtgg	cgggaggattgagaagggacaagcc	...(((................... ....)))..................	-4.09
50	agacctaggccaaggaactgggtgg	gggaggattgagaagggacaagcca	.......(((............... .....................))).	-4.41
51	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggaggattgagaagggacaagccac	.......(((............... ....................)))..	-4.41
52	agacctaggccaaggaactgggtgg	gaggattgagaagggacaagccacc	....................((((( ....................)))))	-5.89
53	agacctaggccaaggaactgggtgg	aggattgagaagggacaagccacct	....................((((( ...................))))).	-6.41
54	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggattgagaagggacaagccacctt	....................((((( ..................)))))..	-6.41
55	agacctaggccaaggaactgggtgg	gattgagaagggacaagccaccttg	..........(((((...(((.(.. ...............).))))))))	-6.47
56	agacctaggccaaggaactgggtgg	attgagaagggacaagccaccttga	..........(((((...(((.(.. ..............).)))))))).	-7.39
57	agacctaggccaaggaactgggtgg	ttgagaagggacaagccaccttgac	..........(((((...(((.(.. .............).))))))))..	-7.39
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59	agacctaggccaaggaactgggtgg	gagaagggacaagccaccttgaccg	..........(((((...(((.(.. ...........).))))))))....	-7.39
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62	agacctaggccaaggaactgggtgg	aagggacaagccaccttgaccgtag	..........(((((...(((.(.. ........).)))))))).......	-7.39
63	agacctaggccaaggaactgggtgg	agggacaagccaccttgaccgtagg	...((((.(.(((((...(((.(.. .......).))))))))..).))))	-9.15
64	agacctaggccaaggaactgggtgg	gggacaagccaccttgaccgtaggg	...((((.(.(((((...(((.(.. ......).))))))))..).)))).	-9.59
65	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggacaagccaccttgaccgtaggga	...((((.(.(((((...(((.(.. .....).))))))))..).))))..	-9.59
66	agacctaggccaaggaactgggtgg	gacaagccaccttgaccgtagggaa	...((((.(.(((((...(((.(.. ....).))))))))..).))))...	-9.59
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69	agacctaggccaaggaactgggtgg	aagccaccttgaccgtagggaagga	...((((.(.(((((...(((.(.. .).))))))))..).))))......	-9.59
70	agacctaggccaaggaactgggtgg	agccaccttgaccgtagggaaggag	...((((.(.(((((.......... .....)))))..).)))).......	-9.13
71	agacctaggccaaggaactgggtgg	gccaccttgaccgtagggaaggagg	...((((.(.(((((.......... ....)))))..).))))........	-9.13
72	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccaccttgaccgtagggaaggagga	...((((.(.(((((.......... ...)))))..).)))).........	-9.13
73	agacctaggccaaggaactgggtgg	caccttgaccgtagggaaggaggaa	...((((.(.(((((.......... ..)))))..).))))..........	-9.13
74	agacctaggccaaggaactgggtgg	accttgaccgtagggaaggaggaat	...((((.(.(((((.......... .)))))..).))))...........	-9.13
75	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccttgaccgtagggaaggaggaatg	...((((.(.(((((.......... )))))..).))))............	-8.17
76	agacctaggccaaggaactgggtgg	cttgaccgtagggaaggaggaatgt	...((((.(.((((........... ))))..).)))).............	-5.85
77	agacctaggccaaggaactgggtgg	ttgaccgtagggaaggaggaatgtg	...((((.(................ .....).))))..............	-4.13
78	agacctaggccaaggaactgggtgg	tgaccgtagggaaggaggaatgtgg	...((((.(................ ....).))))...............	-4.13
79	agacctaggccaaggaactgggtgg	gaccgtagggaaggaggaatgtggg	...((((.(................ ...).))))................	-4.13
80	agacctaggccaaggaactgggtgg	accgtagggaaggaggaatgtgggc	...((((.(................ ..).)))).................	-4.13
81	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccgtagggaaggaggaatgtgggct	......((.((.............. ....................)).))	-5.47
82	agacctaggccaaggaactgggtgg	cgtagggaaggaggaatgtgggctg	......((.((.............. ...................)).)).	-5.97
83	agacctaggccaaggaactgggtgg	gtagggaaggaggaatgtgggctgg	......((.((.............. ..................)).))..	-5.97
84	agacctaggccaaggaactgggtgg	tagggaaggaggaatgtgggctggg	...(((((.((.............. .................)).)))))	-7.50
85	agacctaggccaaggaactgggtgg	agggaaggaggaatgtgggctgggg	...(((((.((.............. ................)).))))).	-7.94
86	agacctaggccaaggaactgggtgg	gggaaggaggaatgtgggctggggg	...(((((.((.............. ...............)).)))))..	-7.94
87	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggaaggaggaatgtgggctggggga	...(((((.((.............. ..............)).)))))...	-7.94
88	agacctaggccaaggaactgggtgg	gaaggaggaatgtgggctgggggaa	...(((((.((.............. .............)).)))))....	-7.94
89	agacctaggccaaggaactgggtgg	aaggaggaatgtgggctgggggaag	...(((((.((.............. ............)).))))).....	-7.94
90	agacctaggccaaggaactgggtgg	aggaggaatgtgggctgggggaaga	...(((((.((.............. ...........)).)))))......	-7.94
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102	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggctgggggaagatgccctcaactc	...(((.((((.............. ))))..)))................	-5.20
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106	agacctaggccaaggaactgggtgg	gggggaagatgccctcaactcaccc	...................(((((. ....................)))))	-6.24
107	agacctaggccaaggaactgggtgg	ggggaagatgccctcaactcacccc	...................(((((. ...................))))).	-6.55
108	agacctaggccaaggaactgggtgg	gggaagatgccctcaactcaccccc	...................(((((. ..................)))))..	-6.55
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128	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccccctacacacacatgagagagag	...................(.(((. .......))).).............	-4.25
129	agacctaggccaaggaactgggtgg	cccctacacacacatgagagagagc	...................(.(((. ......))).)..............	-4.25
130	agacctaggccaaggaactgggtgg	ccctacacacacatgagagagagcc	...................(.(((. .....))).)...............	-4.25
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134	agacctaggccaaggaactgggtgg	acacacacatgagagagagccccca	...................(.(((. .))).)...................	-4.25
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174	agacctaggccaaggaactgggtgg	taggtctcccctccaggctgagggc	...(((.((((..(((...(((... ........)))))).)))).)))..	-8.87
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blue:	free energies for probe and target subsequences of 'window size'.
red:	perfect match free energies for target subsequences of 'window size'.
The curves intersect when a probe perfectly matches a subsequence on the target.

The Microarray Manual Curation Tool (MMCT)

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